Los primeros habitantes de la actual Botswana fueron probablemente antepasados de los san (también conocidos como bosquimanos), cazadores y recolectores, que hoy habitan las estepas semiáridas de Botswana sudoccidental; y de los khoikhoi, provenientes del norte. Tribus de lengua bantú llegaron a la región en el primer siglo a.C. Los antepasados de los tswana, (hoy nación mayoritaria), se instalaron entre los siglos XI y XII en las llanuras del Río Vaal (hoy provincia sudafricana del Transvaal). Los tswanas se fundieron en ocho clanes poderosos. Las rivalidades entre clanes no permitieron a los tswana crear un reino como otras naciones en África del sur.

La historia de Botswana, es la historia del desierto de Kalahari, intermediario entre la poblada sabana del noreste y las despojadas estepas del suroeste. El tránsito precolonial posibilitó asentamientos de los británicos, holandeses y portugueses desde el siglo XVIII.

En 1840, se asentaron en el este de Botswana los colonos holandeses boers (conocidos también como afrikaaners), que huían de los ingleses establecidos en Ciudad del Cabo. Los boers (agricultores) disputaron las escasas tierras fértiles con los tswanas, provocando además conflictos entre éstos y los zulúes a los que los colonos expulsaron del sur de África. En 1895 tres reyes tribales Tswana fueron a Londres buscando apoyo contra los boers y contra la expansión alemana por el sudoeste africano. Botswana se transformó desde allí en un protectorado británico. Los reyes debieron conceder, a cambio de protección, que la Compañía Británica de Sudáfrica, construyera una vía férrea entre sus tierras y Zimbabwe. La tutela inglesa impidió la absorción política por parte de Sudáfrica, pero facilitó la dominación económica de los boers.

A comienzos del siglo XX, el 97% de la población vivía en el campo y cada familia poseía al menos un par de vacas; los más ricos tenían bueyes para arar la tierra. En 1966, cuando Botswana logró su independencia, la población urbana llegó al 15% y casi el 40% de los habitantes rurales no poseía ganado. Debido a la concentración económica los afrikaaners dominaron la agricultura y controlaron el 60% de las exportaciones de carne.

Entre 1978 y 1988, Botswana se transformó en el tercer mayor productor de diamantes del mundo, después de Australia y la actual República Democrática del Congo, y la economía del país creció a un ritmo récord de 12% al año.

En 1985, hubo repetidas escaramuzas en la frontera con Sudáfrica por el apoyo que el gobierno de Botswana prestó a la lucha del Congreso Nacional Africano (ANC) contra el apartheid. En 1987 Sudáfrica presionó bloqueando las rutas que la unen con Gaborone, la capital de Botswana.

En 1989, el gobierno enfrentó sucesivos problemas económicos y políticos, más que nada, por la merma en la demanda internacional de diamantes. La corrupción gubernamental se hizo evidente y renunciaron varios ministros de Estado. En 1991, tres de los siete partidos opositores crearon el Frente Progresista del Pueblo (FPP) para oponerse al BDP; ese año, el país sufrió las huelgas más importantes desde su independencia. Los trabajadores públicos reclamaron un aumento del 154% y fueron despedidos 18 mil funcionarios estatales.

En 1992, el desempleo llegó al 25%. Tratando de aumentar la ocupación y para elevar el alicaído prestigio del BDP, el gobierno incentivó la instalación de industrias ajenas a la minería. Los conflictos internos de Namibia en la Franja de afectaron las relaciones de Botswana con su vecino. En 1999 casi 2.000 habitantes de esa franja –muchos de ellos separatistas– se refugiaron en Botswana. La decisión de darles asilo agravó las relaciones con Windhoek. Ambos países tienen además un litigio fronterizo por una isla en el río Chobe.

En 2002 el gobierno, reubicó en asentamientos al último contingente de 2.200 san, expulsándolos de las tierras que habitaron durante 30.000 años.

Alrededor de mil trabajadores de la compañía de diamantes Debswana Diamond Company fueron despedidos tras una huelga, en agosto de 2004, declarada ilegal por el gobierno, en la que reclamaron mejoras salariales. La Unión Minera de Trabajadores de Botswana (UMTB) demandó un 16% de aumento salarial y un 24% en bonos para 2004 y 2005.

En mayo de 2006 se detectó un brote altamente contagioso de fiebre aftosa al sureste del país, el área de mayor producción de carne vacuna. Las pérdidas, debido a la clausura de exportaciones y al cierre de mataderos, afectaban varios millones de dólares y amenazaban, incluso, la supervivencia de la industria de carne vacuna.

En julio de 2007, el Banco Mundial publicó su informe La gobernabilidad importa, 2007: Indicadores de la gobernabilidad en el ámbito mundial 1996-2006, que situó a Botswana entre los 16 países con mayor estabilidad política y ausencia de violencia en el mundo, y en la primera ubicación entre los países de África.